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送走王镇恶、孟龙符两路大军，杨安玄并没有闲着，陆续在棋盘上落下六子。
第一颗棋子是让暗卫化装成商贾前往南凉、北凉，一路散播秦国大兵攻打雍州，国内空虚的言论。
南凉景王秃发傉檀和北凉武宣王沮渠蒙逊原本合力攻打后凉建康公吕隆，吕隆抵御不住，索性献土向后秦归顺，请求后秦军队迎他入长安。
姚兴喜从天降，派尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘等人率军四万前去迎接吕隆归顺。前往后凉要通过南凉国土，秃发傉檀迫于后秦实力强大，只得让出道路让兵秦军队通过前往姑臧接吕隆进长安。
后凉国灭，吕隆为报复北凉和西凉，力劝齐难攻打两国，结果齐难前锋战败，只得与两国结盟互不侵犯，齐难以司马王尚为凉州刺史，率军三千镇守姑臧。
姚兴是高兴了，北凉和南凉到嘴的肉被人夺了，自然心怀不满，但怯于后秦实力雄厚不敢声张，得知秦国内部空虚，难免要蠢蠢欲动起来。
第二颗棋子放在当阳。杨安玄占据当阳后，命宁远将军严壮率军五千镇守，秦军攻雍，杨安玄猜测桓玄极可能从江陵出兵夹击，当阳城兵力不足。
杨安玄命傅弘之统军三千前往当阳，协助严壮防御荆州兵马，吩咐傅弘之若事不可违，不妨放弃当阳退守编县，届时他会亲率大军前往增援。
当阳城如同楔入桓玄体内的一颗钉子，既可威胁江陵又可让雍州水师东进，杨安玄准备看准时机，兵发寻阳夺取司马德宗。
第三颗子落在宁益两州，杨安玄送信给益州刺史毛璩和宁州刺史毛璠，痛述桓玄谋朝篡位，邀两人一起举兵伐桓，迎天子还朝。
杨安玄很有把握毛璩会举兵呼应，只要益州举起反桓大旗，荆州、梁州必被牵制，雍州不再向前年那样有西面之忧，而当阳的作用越发重要。
第四颗棋子用来针对刘裕，自己穿越到东晋当然不能眼睁睁地看着刘裕建立刘宋，晋失其鹿，有志者逐之，何况自己还占了先机。不好明目张胆地对付刘裕，不妨用上些小手段。
第五颗棋子是写给阴友齐的信，黄门侍郎阴友齐作为阴贵妃的父亲，桓玄篡位之后自然遭到冷置。天子即将出京前往寻阳，杨安玄建议阴友齐随天子一同前往，一来可以显示不忘旧主忠贞可嘉；二来能够照顾阴慧珍；最重要的是能够为杨安玄夺取司马德宗作为耳目。
第六颗子派丁全、黄富派人暗潜入京口、广陵两地，这两地是北府军的基地，刘裕要反桓必定要借重北府军相助。自己鞭长莫及无法出兵介入，但桓修身死后朱龄石可不容错过，凭自己与他的交情，或许可以邀他前来襄阳，顺便让朱龄石带一批人前来。
十二月二十二日，司马德宗带着晋室先祖的灵位前往寻阳(1)，改任平固王友的阴友齐随行；十二月二十四日，桓玄将桓温的神主放入太庙之中，代晋的整个步骤宣告完成。
永始二年(元兴三年)在风雨飘摇中到来。正月，桓玄册封正妻刘氏为皇后，诏方镇刺史入京觐见，并下旨让各方镇向朝庭推荐有用之才。
方镇之中雍州是桓玄的最大心患，如今秦国依诺发兵，桓玄不复为忧，接下来便是益、宁两州的毛家兄弟。
桓玄决定先对付益州刺史毛璩，下诏加封毛璩为散骑常侍、左将军，命毛璩入京觐见。同时，桓玄下旨调梁州刺史苻宏进京，以桓希为代之，并暗中下旨调动兵马，准备将毛璩围困在益州境内。
毛璩收到杨安玄的来信，正犹豫不决，看到桓玄召他进京的诏书，知道进京之后性命便操于桓玄手中，而王异驻涪县、郭法守宕渠、周道子镇白帝等举动无不说明桓玄对自己防备甚深。
毛璩勃然大怒，扣押桓玄使者，响应杨安玄号召，传檄声讨桓玄，派巴东太守柳约之、建平太守罗述和征瞄司马甄季之先下手为强，趁桓希尚未到任之季，先行击败王异、郭法等人，占据梓潼郡，封闭了蜀道，进驻白帝城。
建康，桓玄在朝政上并无新意，诏令纷纭，百官奉答不暇。桓玄性情苛刻琐碎，对小节吹毛求疵，因尚书奏疏中误将“春蒐”写成“春菟”而将经手之人尽皆降黜，以显示他的高明。
桓玄喜欢游玩打猎，一天之内多次出入宫城；嫌皇宫陈旧，迁至东宫暂住，下旨重新修缮宫殿，因身肥体胖，命工匠建容纳三十人乘坐的大乘舆。
建康城内，怨声四起，上至朝庭官员下至市井小民，无不期盼变天。
正月间，有童谣传出，“长干巷，巷长干，去年杀郎君，后年斩诸桓”，又有“斩桓者奴”的谶文在民间暗中流传。
桓玄深恶，下令搜拿传谣之人，仍禁之不绝。
长干巷的童谣是不满桓玄的士族散播的，而斩桓者奴的谶文则是杨安玄让丁全派暗使在建康城中暗中张贴。刘裕，小名寄奴也。
之所以没有点名道姓，一是谶文具有神秘性，说得太明反而没人相信；二来这样做桓玄故然会对刘裕生出疑心，但却不会因此杀死刘裕。
杨安玄记得史书上记载刘皇后见到刘裕后，说刘裕龙行虎步、双目有神，不能久居人下，劝说桓玄早除刘裕。可是桓玄平定中原需要刘裕出力为由拒绝。
刘皇后劝说尚不能让桓玄下决心杀死刘裕，自己若用力太过，反而有可能促使刘裕投靠桓玄，为其驱使，这样岂不是偷鸡不成蚀把米。
刘裕不知道远在襄阳的杨安玄暗中磨刀霍霍对向他，他正跟随徐兖刺史、安成郡王桓修进京朝觐。
桓修此次进京，随行除了刘裕之外，还有带了兖州主簿魏咏之，而何无忌则是随刘裕而来，他想通过吏部侍郎曹靖之以及京中旧友的关系谋个县令。
桓玄听闻刘裕的名声已久，见过刘裕后颇为满意，对司徒王谧赞道：“刘裕风骨不俗，是为人杰也。”
王谧曾在刁逵手中救下刘裕，并赞刘裕为一代英雄，对刘裕有救命及知遇之恩。桓玄知晓王谧与刘裕的这层关系，当着王谧赞刘裕，既是表示对王谧的亲近，夸赞王谧好眼光，也想通过王谧去拉拢刘裕。
桓玄有意拉拢刘裕，下诏褒奖刘裕征讨孙恩、卢循之功，对他麾下的将士亦加封赏。诏书赞“刘裕以寡制众，屡摧妖锋。泛海穷追，十殄其八。诸将力战，多被重创……并宜论赏，以叙勋烈。”
然而刘裕对桓玄的亲近之意并不放在心上，桓玄摆明要让自己充装爪牙，言语中透露出要自己率军平定雍州，岂不闻“狡兔死、走狗烹”，刘裕表面唯唯，心中早已下定反桓的决心。
刘裕被桓玄所喜，随桓修进京觐见的魏咏之就没有那么幸运了。
魏咏之出身寒微，躬耕谋生而好学不辍。他生而兔唇，十八岁时听闻荆州刺史殷仲堪帐下有名医能治，前往荆州造门求助。
医者称可治，但百日不可语笑，魏咏之便百日闭口不语，唯食薄粥度日，心志坚定。殷仲堪深为叹服，赠厚资遣之。
魏咏之后来入仕，成为兖州主簿。桓修亦向桓玄举荐魏咏之，称其博学多闻，善处政务。
昔日桓玄在荆州之时从殷仲堪处听闻过魏咏之，殷仲堪被己所灭，对他所喜的人桓玄先就没了好印象。待看到魏咏之的兔唇虽然修复，但伤痕犹在，甚为不喜，遣之回兖州。
吏部侍郎曹靖之甚得桓玄宠信，寻机向桓玄说及何无忌谋官一事，桓玄断然拒绝。何无忌得知之后知道只要桓玄在位，自己绝不可能起复为官。既如此，唯有灭之。
青州刺史桓弘亦向桓玄推荐了主簿孟昶，桓玄见孟昶仪态雍容，言辞得体，很是欣赏，有意任其为尚书郎。
得知孟昶住在京口，因而问身旁侍臣刘迈道：“卿与孟昶都住在京口，可曾相识？”
刘迈与孟昶有隙，有意应道：“臣在京口不闻孟昶有异能，只听说他父子之间互相赠诗。”
桓玄哈哈一笑，遣孟昶仍返青州。
二月一日，长江涨水，洪水流入石头城，附近的居民死伤惨重。天刮大风，吹倒了朱雀航的门楼，桓玄听到外面喧哗的声音，以为有人聚众反叛，得知虚惊一场，心中仍甚不快。
二月二日，桓玄让进京述职的众人各回方镇。刘裕以旧伤复伤无法从陆路返还京口的原因与桓修分手，与何无忌一起乘船返回京口。
此次进京，刘裕发现桓玄外强中干，建康士族与其离心离德，下令决心起兵反桓。
何无忌起复无望，受刘裕之托在京中拜访旧友，找寻对桓玄不满之人，作为内应。
船中两人密议，谈及魏咏之和孟昶，认为可为同谋。
刘裕与魏咏之是同僚，刘裕是抚军府中兵参军，负责京口驻防，魏咏之是主簿，两人平时关系不错。此次魏咏之被桓玄所拒，刘裕猜测魏咏之有反桓之心。
不知有意无意，船至京口刘裕便遇到了孟昶。刘裕邀孟昶到府中做客，设宴款待，何无忌在一旁用言语试探。
席间，刘裕笑问道：“草泽间当有英雄崛起，孟兄可闻知否？”
孟昶接口应道：“今日英雄为谁，唯德舆也。”
话说到这个地步，何无忌随即把话挑明，邀孟昶一起反桓。
孟昶因刘迈作梗不能入朝为官，迁恨桓玄，听何无忌相邀当即慨然允诺。
晚间刘裕找来魏咏之，与孟昶相见，四人一拍即合，反桓同盟初成。