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就在妖刀界围杀风之痕的时候，武林中忽然传出，三先座之一，武痴传人的金犀先座身死的消息。
（沐流尘为得武痴绝学，人字心法下得手）
同时，盘龙谷内，九皇座现世，号称只有在极、医、智、释、儒、道、术、名、武在这九个方面的顶尖的九个人物坐上，方能揭开其中的秘密。
（其实是沐流尘为解开九皇座之秘，与极道天权一起打开封闭的空间，使九皇座现世。）
曾有不少武林人士试图进入谷内一探，却被谷内术法弹飞。
邪能境也同样遭逢变数，从鬼楼内脱出的恶鬼地狱人形师联合冥轮法魁围杀邪能境之主阴阳师，阴阳师身死，但让人形师意料不到的是，早在阴阳师复活后，居住春秋两不沾，大权交由鬼隐开始，让自己的阴体**阳师深居在深沉雪，无人知其身份。
当人形师杀掉属于阳体的阴阳师，却使阴体集合阴阳双极的力量，元功更上一层楼，**阳师正式踏足武林。
妖刀界的势力则是在围杀风之痕之后，损失惨重，为让鬼王覆天殇现世，冥轮法魁率军队将领与九渊之上守护孽源。
此举正好给了正道众人一举歼灭的机会，一页书率领群侠攻上九渊之巅。
冥轮法魁自认为打败过一页书的化身步怀真，与之一战，结果是死在一页书的天龙吼之下。
原因便是步怀真是一页书，但一页书不是步怀真，冥轮法魁战胜的一部分功体脱离本体形成的真气化体分身而已。
给武林造成莫大伤害的冥轮法魁及其麾下势力彻底败亡
但九渊之巅上，孽源吸纳足够的宇宙精华之力，虽被公子雨以利箭射下的孽源上的吸雷针，重创孽源。
但终究无法阻止孽源完成，蜕变为肉身，覆天殇正式复活，与其一同出现的还有影十字、五行陀、战天戟、旦丁、惊雷狂枭、雪飘染、造邪锋，加上回归的过去手下，在忠与义之间做出选择，选择忠的末苍云，共有八大战将，揭开了磷菌祸世的序幕。
覆天殇在复生之后，立刻命令手下去办五件事。
第一，杀到射伤孽源公子雨。
第二，杀掉三先座中的最后一名，策衍先座，还清邱霍蛉叶人情。
第三，灭掉三槐城，毁掉能够制造磷菌解药的三槐城之宝天槐木。
第四，找出极体的下落。
第五，找出段章甫的后代与朋友。
覆天殇的命令，代表着武林更大浩劫的开始，公子雨出身的江南宫家与藏有天槐木的三槐城一席被灭。
策衍先座更是身死在八战将之一的雪飘染手上，幸亏天槐木一早便被转移，被覆天殇以自身毒血污染的不过是一件赝品。
而众人也从住在冰麟洞之神秘奇人，苍白奇子那里得到了关于覆天殇的一切。
覆天殇生前本为东北境界双雄之一，备受爱戴，但为人野心过大，喜研究病毒科学，发明了恐怖的磷菌，此毒中者会逐渐失去本性，最后陷入疯狂，只知杀戮，这也是为什么覆天殇被称为“毁灭之源”的原因，而中毒者的特征便是脸上会出现红花斑纹。
好在后来同为东北境界双雄之一，也是覆天殇的好友的段章甫，率领初代九皇座所灭，但初代九皇座也因此感染磷菌而逐渐失去本性，段章甫无奈之下背负恶名，将发狂的战友一一除去维护武林，但却被误解为大恶人，子孙被贬为奴隶。而覆天殇由于怨气难消成为恶鬼为祸世间，而被正一天道收服压入鬼楼，成为鬼楼十大恶鬼之首。
直到妖后、黑衣先后入鬼楼，鬼王以妖后爱子黑衣为要挟，胁迫妖后就范成为其复活母体。
众人在得知详情之后，立刻派人通知三教，解除了剑盟奴仆的段忍这位段家后人的奴隶身份。
另一方面，听从苍白奇子的安排，集结九人登上九皇座，换取对抗覆天殇的力量。
就在九人集结的时刻，侠刀蜀道行之子，柳无色遭遇致命杀机，重回覆天殇麾下，选择忠的末苍云奉命前来取命。
纵使柳无色习得天字诀，但终究因为年岁尚潜，火候与根基不足，即将丧命于末苍云之手。
但就在致命一刻，宏大掌气来到，击退末苍云，救下柳无色。
覆天殇欲再针对蜀道行的妻子柳无韵，却在琅琊别苑内遍寻不得其踪影，现场只留下一封手书，约末苍云于问侠峰与蜀道行一战。
后末苍云在奉覆天殇之命喝下磷菌要跟蜀道行同归于尽，但是末苍云却要求蜀道行以不见血的方式结束自己，避免蜀道行被感染。
最终结果末苍云身死，因死于蜀道行的“天外回天”之下，
覆天殇虽死一员大将，但磷菌已经开始在江湖上传染，不少武林人士与百姓身中此毒，四处攻击，一页书对此也无办法，只得将这些人关入云渡山之中。
而随着素还真等人寻找九皇座人选的加快，九人终于凑齐，分被是神渊佛镜之主，神渊佛者（释流座）、掌管道教化外仲裁之地云笈观，玄武真主（道流座）、天章古圣阁之主，天章圣儒（儒流座）、段家后人，段忍（名流座）、希罗圣教圣主，耶黎女神(医流座)、侠刀蜀道行(武流座)、邪能境之主，**阳师(术流座)、武痴传人沐流尘(智流座)、覆天殇的极体，沙罗(极流座)。
就在众人坐上九皇座的那一刻，九人坐下皇座散发耀眼金光，化作一条巨型金龙飞驰而去。
中间虽有一段小插曲，覆天殇手下大将影十字想要射杀极体沙罗，却是正中沙罗肩头，并未取其性命。
金色巨龙带着众人飞到六祸禁地，六祸禁地之上的六根石柱开始缓缓流出血来。
九皇座之上的众人在巨龙穿过禁地之时，粘上血液，随后六祸禁地爆炸，众人返回盘龙谷，忽感一阵头晕目眩，皆是身中菌毒的症状。
原来这本来就是一场为了制造对抗磷菌的抗体所布的局，苍白奇子为了制造磷菌抗体，以九皇座为局，令九人身染病菌，以自身修为产生抗体，利用抗体配合三槐城之宝天槐木制作磷菌解药，拯救苍生脱离苦海。
九人之中，除了沙罗因为是覆天殇的极体，免疫血液中的磷菌与段忍因血脉影响，只沾染上了段章甫已经产生抗体的血液外，其余众人全都沾染上磷菌。
磷菌之毒果然猛烈，不过短短时日，便让玄武真主与天章圣儒二人心性大变，展开道儒大战。
蜀道行见此情况，决定为已经失控的天章圣儒和玄武真主二人行侠道之灭，先后找上两人，侠刀一开为救而杀，无血之杀终结并升华二人。
好不容易一场动乱才结束，又传出一页书被覆天殇所擒，虽后被佛教先天顶峰佛剑分说救回，但一页书因身染覆天殇研制出新磷菌，不得不暂隐。