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如何在区田中安排农作物的种植，是区田法的关键。袁文新将适应在凤阳生产的粮食作物，按照一年十二个月逐月给予认真安排：“正月立春后，则烧苜蓿，二三月种稷山芋，三四月种粟黍芝麻及大小豆，七八月种荞麦大小麦及豌豆，节次为之，不可贪多。”
然后规定蔬菜及经济作物的种植季节和方法：“正月垄瓜田，二月种茄瓠三瓜芥，三月姜蓝、木棉、紵麻、黑殿，五六月萝卜蔓菁，七月菠菜，八月蒜葱韭，九月油菜。如此用力省而功倍，不必牛犁，最方便贫农种植。”
为了保证区田法的收获，袁文新根据凤阳缺水的现实，要求农户兴修水利。当时凤阳地下水丰富，挖七尺即可有水，深挖二丈八尺则长年不干。袁文新要求每亩掘一口井以代方塘。还规定农方每家门前兴修池塘，每家开塘半亩，五家相连，可得二亩半一口的大塘，五家协力挖塘，一年挖一尺，十年后即成深泽。再挖四通八达的小沟渠，遇旱年便无患了。
肥料是农作物丰收的根本。为了改革凤阳人不爱积肥的旧习，袁文新设立了管理积肥的“两总”。一总管集镇，一总管农村。集镇总，下设“坊”，坊下设“比”，一坊辖五比。每五家合建厕所一个，集镇中心需建厕所五个。农村总，下设“里”，里下设“邻”，一里辖五邻，也是每五家合建厕所一个。
该组织专门管理厕所粪便。其制度是：如邻、比不修厕所，责任在于里、坊；里坊不修厕所，责任在于总。少修一厕，罚谷一石。厕所粪池的规格是：长宽各三尺，深五尺。
袁文新在推行区田法的同时，还注意到种植树木，牧放家禽。
他规定每户必须用一亩地专门用来种植树木。其方法是：“正月立春后，修种诸果木，栽榆柳，二月接桑果，三月移石榴。五月移竹栽嫁枣，种桃杏李梅核，六月锄桑，皆有其时，依时而行。”种植树木大有好处，“一可以佐谷蔬，二可以可以改燧火，此种树之要利，故次区田。”
还规定在池塘放养鹅鸭，以鲤、鲫、鲢为生。每家要养一马二牛，足以引重，养猪羊鸡狗足以致富。
有了资财后，五口之家要各有分工：聪明的要学习书文，勇敢的要学习武艺；一个人要学习百工技艺，另一个人要学习货贸迁有无；体格强壮的二人要勤于
耕耘。
所以袁文新在实行区田法的同时，还特别注意到农、林、牧、副的全面发展，工、商、文、武的妥善安排，颇有济世之才。
从万历四十八年的四月起，区田法实行，仅仅到秋季的半年中，二百亩官田就收获粮食八十余石。这些粮食除足够二十家农户一千亩土地一年的赋税外，尚余三十余石入仓库贮存，待荒年备赈。官方得到了粮食，农民也得到了利益。
在区田法推行的第一年，袁文新带领农民总共垦荒两千三百多亩，修了十二口池塘，盖官、民房八十余间，买了六十九头官牛。袁文新在使用区田法的经费上说得上是高风亮节。通过他的精打细算，他仅用去三百六十三两八钱银子。从福建请来的二十名乡亲，他都是自掏腰包。
区田法在焦山试验成功的消息传开了，贫苦的凤阳百姓纷纷赶到这里观看。当他们看到这里崭新的住房，平整的土地，养满鱼虾的池塘，四通八达的沟渠，郁郁葱葱的树木，逐渐树立了在家乡生活的信心。
皇帝听袁文新讲了两个时辰的区田法，的确是大有收获。这清丈多出来的田地有很多是荒地，就需要流民来屯垦种植。垦荒也是很难的一件事情，农民吃没吃处住没住处，耕牛没有耕牛，种子没有种子，如何安居乐业，勤奋耕耘呢？现在好了，袁文新把这件事做成了！
现在朱由校甚至觉得袁文新也是从后世穿越过来的，这要是生在新中国就是劳动模范，人民的好干部啊！
但皇帝还是留了个心眼，他先是平淡地表达赞赏，让袁文新到北直隶总督袁应泰麾下为安置流民出谋划策。他又派了御史去凤阳当地考察实际情况。
安置好袁文新之后，皇帝收到了应天府巡抚徐兆魁一封长长的上疏。上疏里讲妇人刘氏状告董其昌二儿子董祖常杀害她的丈夫，绑架她的儿子。这个案子要从九年前说起：
董其昌是翰林中人，是全国闻名的第一流书画家，在士大夫中有很高威望。可是董家在民间却是一个以奸邪、贪婪、淫1秽、横暴、凶恶出名的土豪。董其昌的二儿子董祖常使用一班豪奴、痞棍、打手去劫夺和讹诈别人的地产、钱财，甚至还抢夺妇女。
后来因为董祖常强抢生员陆兆芳的使女，被人写成戏文在市面上广
泛流传。董祖常怀疑是他家的亲戚生员范录所作，将范录逼死。范录的家属找董家问罪，董祖常率领豪仆讲这些妇女关在室内横加侮辱、毒打，于是引起全县生员和民众的公愤。
除了范氏家属向衙门起诉外，全县生员也共同向本县海防、理刑等官控告，得到这些官员的同情，行凶豪仆也被拘捕。这样事情本来趋于缓和，但是董祖常邀请的打手又向群众挑衅，于是一向受董家欺压的老百姓和生员一起放火将作恶多端的董氏父子及行凶豪仆的宅第烧毁。这就是万历四十四年的“民抄董宦”。
这个事件扩大以后，董其昌曾向上官控告。当时学使王以宁是董其昌的门生，存心袒护，曾经命令司理吴之甲对百姓严加惩处，又命令府学教谕胡公胄清查参加生员，但是这两人宁可放弃官位，都不愿也不敢同广大的生员和百姓对敌，仅将为首生员开除学籍了事。最后王学台被参奏去职。继任者更不愿包庇董家的这种暴行，他还将董祖常当众杖责。于是一场风波才算平息。
董其昌惶惶然避难于苏州、镇江、丹阳、吴兴等地，直到半年后事件才平息下来。虽然说董家父子损失不少田地和家产，但最终还是回到家乡松江府华亭县继续居住，仍旧是家赀万贯、锦衣玉食。作恶多端的二儿子董祖常依旧是纨绔子弟、为祸乡里。
衙役杖责董祖常的时候耍了花招，尽管表面上他们把刑杖举得高高，挥下去也十分猛烈，但在挨近受刑人身体的那一刹那，他们手腕一硬，把灌入刑杖的劲往回收了许多。而且，他们下杖尽量不落在关节处。董祖常只是受了点轻伤而已。这当然是董其昌花钱运动的结果。
纨绔公子董祖常一直在找当年把他强抢民女编为戏文的人。前三年，在一次偶然的机会中，他找到了刘永英身上。刘永英是个秀才，平日里以教书为生，偶尔给戏班写唱词赚赚外快。在得知董祖常的丑恶行径之后，他把此事写成了戏文，流传在民间。
董祖常秘密派人把刘永英沉入了自家门前的池塘里，行凶为泄其恨。刘永英的妻子刘氏知道丈夫与董家有仇，打了多次官司都被驳回。这回是幸好遇上了徐兆魁，才有为夫报仇的机会。
皇帝看了自然是勃然大怒，他派锦衣卫王阳武迅速下南京，将这禽兽父子一并带到北京，审判之后，就在西四开刀问斩。