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虽然袁可立打反贼如同摧枯拉朽，但山东巡抚赵彦率领的官军打得一点都不好。在曲阜徐鸿儒久攻不下，他率领反贼两万扑向兖州。
山东巡抚赵彦、总兵杨肇基，以及兖东道监军徐从治等正在兖州城外的演武场誓师时，反贼万余人已经抵达兖州城南门外。闻香教大军的突然降临，官军魂飞魄散，守城军急忙紧闭城门，堂堂巡抚大人赵彦坐着竹筐里吊到城上。城外的官兵几乎被闻香教消灭殆尽。
总督袁可立没有在滕县逗留多久，仅仅待了一天，袁可立就带兵攻打闻香教据有的另一座城池邹县。邹县由闻香教的会长候五所占领，明军仅仅是重炮轰击了一阵子，胆小畏敌的候五就带着亲信从城池逃跑了，袁可立兵不血刃就拿下了邹县，候五没有逃掉，在追击时被满桂一刀砍下首级。
徐鸿儒和他的军师周念庵听说了滕县、邹县被官军收复的消息，在兖州大胜的信心瞬间垮掉了。闻香教主召集主要的起义军首领，参与会议的人有徐鸿儒、周念庵、高尚宾、欧阳德、许道清和魏七等人，他们围着营地的篝火旁商量应对袁可立的对策。
“大家快坐下，时间不早了，咱们得赶快商议一下，定下方略，早点休息。看情形，几天后咱们起义军要和明军有一场大的血战了。”闻香教主徐鸿儒讲道。
起义军中最骁勇善战的首领魏七在火边坐定，用手中的粗马鞭敲一下膝盖，大声说：“血战一场呗，这股脓早挤早完事。不血战一场，明军是不会让我们扩大地盘的。别看官兵在滕县邹县占了上风，我魏七可不服气。”
“咱们起义军现在有两万人，我听说新来的山东总督袁可立带了一万京军，又整合了天津和山东卫所的军户一万人，所以他们也是两万人。两军相遇勇者胜，我看不难杀出一条血路。”徐鸿儒分析道。他被魏七的豪迈性格所影响，决定与明军决一死战。
正当此时，一块燃烧着的木炭哔剥一声从火堆上爆裂出来，滚到魏七的两脚中间。魏七用手指头把木炭迅速地拾起来，投进火堆，向大家笑着说：“从小当铁匠，这手上全是老茧，不怕火烫。袁可立这位总督大人，听说是个读死书的进士，他一准不敢像我一样用手抓火炭。讲到对垒厮杀，咱就得变成一堆火炭，烧得他缩手缩脚。”
魏七的话刚刚说完，大家都有了信心准备与明军交战。闻香教在讨论新总督，袁可立也在调查反叛头子。袁可立得到的信息很少，他只知道徐鸿儒的牛皮箭囊是朱漆描金的。当袁总督知道时，他气得脸色发青。因为这个箭囊的颜色内涵是坚决反叛朝廷的意义。
在明朝只准皇家器物上用朱漆和描金装饰，别的人一概禁用。洪武二十六年，朱元璋还特别作了严格规定：军官和军士的箭囊都不准朱漆描金，违者处死。袁可立对全军将士下了命令，只要
擒获或者诛杀徐鸿儒者，赏白银千两，官升一级。在邹县留了一千人马守护，袁可立率领剩余的一万六千士卒出征灭贼。
两天后的早晨，太阳像牛车轱辘一般大，像融化的铁汁一般艳红，带着喷薄四射的光芒，从正东方的岭脊上，从若有若无的薄雾中闪出来了。它照着还未从冬天苏醒的山东平原，照着由袁可立统率、满桂打头阵在平原上肃静无声、匆匆前进的千军万马。
在中午时分，明军官兵与闻香反贼相遇了。袁可立看着前方年轻的反贼，他心里感慨这都是应该在地里好好耕作的青年，却走上了拿起刀剑反叛朝廷的歪路。感慨也好、可惜也罢，袁可立没有丝毫的犹豫，他命令炮手与火枪兵向反贼发射弹药。正如平日的训练一样，士卒们沉着的一次又一次射击，收割了大量起义军的生命。
等到起义军首领魏七率领骑兵冲到明军面前，袁可立又下令变换队形，让步兵持着长矛对抗先冲上来的骑兵。敌人在转眼间就被杀死杀伤很多，闻香教的反贼未曾遇过这样精良的火器，顿时士气大减。
冲上来的敌人寡不敌众，魏七看见这种情形非常恼火，战斗得越发勇猛，像一只狂怒的狮子，一面挥动双刀乱砍，一面大声吼叫。魏七的双手和袖子上染满鲜血，马蹄也早已被死伤者的鲜血溅污。但是正面作战的京军人马众多，而且训练有素。他杀到东边，东边的敌人纷纷后退，但阵容毫不混乱，同时西边的敌人向潮水似得涌来。魏七几次受伤，最终因体力不支而被明军杀死。
这场仗从白天打到了黄昏。黄昏的灰色烟流混合着马蹄溅起的黄色尘埃笼罩着丘陵起伏的平原。有一段时间，战斗得那么紧张，竟然听不清有谁呐喊，只听见武器碰武器的铿锵声、受伤者的低而短促的呼叫声和杂乱奔跑的马蹄声和脚步声。
督战的袁可立并没有预料到战斗会如此激烈，他本来以为起义军会是一盘散沙。可现在看来，起义军对朝廷官府的憎恨让他们拧成一股绳了。京军长时间的高度训练和充足的伙食让他们的体力远超这些刚吃过几天饱饭的反贼。起义军的大溃败已经无法扭转。
满桂率领骑兵冲击起义军的大营，闻香教主徐鸿儒见这局面不好，带着数十亲信逃走了，他把一直带在身边的箭囊丢在一个战死的闻香教首领身边。
本来明军可以截住闻香教主，但是因为天津和山东地方卫所的军户争抢起义军大营的财物，引起了混乱，甚至自己人打自己人。袁可立临阵斩了几个乱兵都止不住混乱，徐鸿儒抓紧这个时机逃走了。
在袁可立平定叛乱的这几天，朱由校和工部尚书徐光启谈论了组建外交部的事项。现在朱由校已经批准广州、福建、浙江等沿海省份可以进行海上贸易，这一点就如同以前隆庆开关的那种做法，设立市舶司和督饷馆来增加海贸税收
。
但这些税收其实并不多，其中很大一部分税收朝廷没有收到。因为朝廷往往是在一个地区指定一个港口来进行合法贸易，只有这个港口朝廷能收税款。但是中国拥有漫长的海岸线，只要放开海禁，商人就会不顾死活的走私商品以逃避应该缴纳的税款。
现在海贸的大头是大明朝的商人与外国之间的商品交易，朱由校想设立外交部，让万里之外的欧洲国家在北京设立大使馆，以便于规范欧洲海商的合法贸易地点，而且还方便购入欧洲军事器械和引进欧洲的技术思想。皇帝还有一个想法，就是建立长期的外交关系，明朝就能够保持与全世界的信息通畅，不致于落入后世所谓闭关锁国的落后状态。
朱由校的想法很好，主张西学东渐的徐光启也很赞成，内阁首辅孙承宗为了能引进优良的火炮也表示同意。皇帝的主意一提出来，却遭到朝堂上大部分文官的反对，因为明代士大夫对外交的普遍观念与现代的国际惯例格格不入。这须从当时人的世界观念说起。
在中国古代，依据儒家的经典，皇帝为“天子”，代表“天”来统治地上的一切。皇帝直接统治的地区，相对于周边的“蛮荒”之地，为“天朝上国”。“普天之下，莫非王土”，《诗经》中的这两句话，经常性地被人引用说明当时的土地制度，实际上也反映了当时中国人心目中的世界观念，即“天下”的观念。由于交通等因，中国文明的圈子主要在东亚地区。因此，中国皇帝长久地自以为是“天下共主。”
由于明王朝前期的强盛，使周边各国的君主，处于种种动机，纷纷臣属于中国，受明王朝的册封，向明王朝纳贡成为藩属国。对于藩属国以外的各国，包括欧洲等西方国家，明朝一概视之为化外蛮夷之邦。
根据传统的礼仪，明王朝拒绝与非朝贡国进行正式的官方交往，只与他们有着通商关系。由此，明朝在对外关系上，自认为是“天朝”，不承认有平等国家的存在，用当时人的语言，即所谓“敌国”。明王朝也没有外交事务的机构。藩属国的朝贡、册封等事宜，由执掌王朝典仪的礼部来主管。
设立大使馆就更加荒唐。在中国的文化传统中，没有平等国家的概念，须分清天子与诸侯的关系。在中国的政治传统中，即使出现了群雄并立的政治格局，那也必自称“正统”，视对方为“贼”，表现出“汉贼不两立”的气派。
因此，尽管中国历史上也出现过苏秦、张仪、晏婴等使节，但办理的都是诸侯之间的外交，且为解决危局而临时派出的差使；中国从来没有过西方模式的“常驻使节”，当时的中国人甚至没有这种概念，因为这在根本上就违反了儒家的政治理念。如果再仔细地从历史上寻找，又会发现，常驻在对方京城的只有“监国”之类的太上皇或“质子”之类的抵押，这无疑是一种屈辱。