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泰昌元年，九月初九。皇帝到皇极门临朝亲政。
今日，皇帝给已故皇祖朱翊钧上谥号为显皇帝，定庙号为神宗。
朱由校按着万历初年的作息时间表来上朝，具体日程安排是：每月逢三、六、九日（含十三、十六、十九与二十三、二十六、二十九）日视朝。这其实是一个比较合理的上朝时间安排，皇帝和官员的负担都小。
张居正去世以后，明神宗最开始是很勤政的，后来他任命申时行为内阁首辅。申时行是软熟之人，遇事迁就，遇皇上更迁就。申时行处于张居正“威权震主”的前车之鉴，把威权统统交还给神宗，让他亲操政柄，事事由皇上决断。这是神宗亲政以来最为繁忙的时期，事无巨细都要过问。
后来所谓的怠于临朝，跟曾经在神宗身边侍奉过的王安聊起此事，朱由校才知道神宗不上朝是因为他健康状况的逐步恶化导致的。
从万历十四年起，万历皇帝就开始频繁的生病，头晕眼黑、浑身乏力，连祭祀太庙的大型典礼都去不了。
后来又患上足疾，严重到一条腿长一条腿短，根本走不了路。走不了路，明神宗又是个好面子的人，把疾病视作他的隐私，他自然就不敢上朝面见文武百官。
因为身体不好，批阅奏疏处理政事，也不能很快答复。神宗本身也不是一个雷厉风行的人，郑贵妃曾经调笑过他的优柔寡断，说他就像一个老太太，这都是宫中的趣闻了。
更有趣的事，是朱由校的父亲朱常洛开始临朝的时候，几十年不上朝的大臣把上朝礼仪都忘光了，对上朝很不习惯。文武大臣骤然上朝，竟然不知所措，随从散漫，人声嘈杂。
对于这种现象，朱常洛非常不满，他传谕内阁，要求整顿朝仪：“以后凡遇临朝，务要十分敬慎。如有仍前肆行违禁，紊乱朝仪者，纠仪官指名参来重治。”所以眼前整齐有规格的朝仪，是朱常洛临终前整顿出来的。
皇上在皇极门金台御幄中升座，京师中凡四品以上官员待鸣鞭后，分文东武西鱼贯入门行叩头礼，然后登阶循廊分班侍立，按部奏事。至于那些级别较低的官员则只能候于午门之外，在鸿胪寺官员的导引下行五拜三叩之礼，然后北向拱立静候旨意。御门决事本是常朝旧制，有话则长无话则短。
侍立在皇帝身边的太监刘时敏向台下的群臣大喊：“有本早奏，无事退朝。”
御史王安舜首先站出来请求发言，朱由校准了，他朗声发表言论：
“先皇初服红丸时，内阁首辅方从哲草拟圣旨赏给献红丸的李可灼白银五十两。方从哲和李可灼两人都有大罪。从医之人，不是三代医家传承，有病的人不能吃他的药，先帝的脉搏雄壮有力而浮动甚大，这表明三焦火动，宜用清火之药而不能用而不能用助火之药，这是很明显的。红铅乃是妇女的经水，是纯火之中的精华，将其投入虚火燥热的病人，不是害死他吗！在朝廷内外人心不稳之时，却敢使用没有验方没有制药方法的药冒充金丹，轻则应当对李可灼处以庸医杀人之罪，却蒙皇上颁发奖赏，这不过是借此以阻塞外廷的议论。”
御史王安舜批评了方从哲和李可灼，御
史郑宗周则是向给朱常洛吃大黄的崔文升发炮。他讲：
“过去的梃击案的张差事件，在宫门持木棍，几乎酿成意外。只因为神宗皇帝优容大度，没能完全处罚他们，所以崔文升敢于效仿他们。请将崔文升敢于效仿他们。请将崔文升砍成寸断用以在祖庙面前谢罪。”
听完这两个大臣讲话后，御史郭如楚、冯三元、给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺少卿高攀龙、主事吕维琪等先后附议要求惩治崔文升和李可灼。
红丸案之后，方从哲拟写御旨，将崔文升和李可灼交给司礼监处理。现在他们二人关在诏狱里头，朱由校最近事务繁忙，把他们俩忘了。
泰昌皇帝朱常洛虽然是因为过度娱乐和错误用药而死的，可是他并不想背上这个丢人死法的坏名声。所以朱常洛临终前一直推说自己身体不好。在朱由校心里，这个便宜老爹对他还是不错的。所以他就要想一个好借口既处理了庸医，又能尽量保存朱常洛的颜面。正在朱由校思考如何处理他们的时候，又有大臣发言了。
给事中惠世扬讲话开门见山直接弹劾方从哲有十条大罪、三条理由可杀。他进言：
“方从哲一个人为相七年，妨碍贤才害了国家，是第一条罪。
骄傲无礼，延误了对皇帝的悼念，是第二条罪。
在慈庆宫里发生梃击案件，却庇护奸党，是第三条罪。
根据自己心里想的肆意妄为，破坏了皇帝的法令，是第四条罪。
放纵儿子杀人，蔑视国家法令制度，是第五条罪。
阻碍和压制谏官，遮蔽和堵塞了皇帝的耳目，是第六条罪。
城池沦陷军事失利，却宽大地处罚巡抚这些臣子，是第七条罪。
仓促的催战，以致全军覆没，是第八条罪。
曲从私情而欺骗皇上，给做宰相的留下羞辱，是第九条罪。
代为经营专利税收，祸国殃民，是第十条罪。
郑贵妃要求封为皇后，整个朝廷尽力谏诤，方从哲却模棱两可，是应当杀的第一条理由。
李选侍是郑氏的心腹，对抗和凌辱皇帝母亲，致使怀恨而死。方从哲接受她偷盗宫中的美玉珠宝，想封选侍为贵妃，又任她占住乾清宫，是应当杀的第二条理由。
崔文升用泻药损伤了先帝的身体，许多臣子提议严厉惩处他，方从哲拟定的命令却开脱他的罪责，李可灼送上致命的药，方从哲拟定的文书却给以赏赐，是应当杀的第三条理由。”
台上的朱由校听完这篇慷慨激昂的讲话，心里很是愤怒。在这几天，王安彻底把他知道的东林党的老底告诉了朱由校。这个惠世扬就是东林党的骨干，他现在借红丸大案之名向方从哲开刀。
方从哲听完惠世扬对他的弹劾，同样是目瞪口呆。东林党这是要把他往死里整啊。
惠世扬总结的十项大罪三条死罪看起来挺唬人的，实际上是经不起推敲的。方从哲在万历四十一年入阁，内阁首辅一直当到现在，在
这七年里有很长时间，内阁里只有他一个人。
方从哲入阁时，朝政日非，已非昔比。内有门户之争，外又面临建州女真窥视边防，可谓内外交迫，这些均是当时的新辅臣方从哲要处理的问题。身为内阁首辅，理应握有重权，然而阁权却已大不如前。当时阁臣似有权又似无权，处境尴尬且艰困，做事动辄得咎，这正是当时内阁所遭遇的困境。
举个例子，万历四十五年是灾荒之年，七月山西大旱，山东旱蝗。方从哲拟定了以下几点策略：请求皇帝发帑，神宗不允许。开仓放粮，就近配发赈灾。免税停征，以一时之权宜来安抚地方的动荡不安，然而神宗未置可否。地方灾荒，首先面对的是地方官员，而神宗末年缺官严重，故地方赈灾无人。方从哲建议补充官员，以绝乱象，而神宗对此已不予理会。由此可见，责任并不在方从哲身上。惠世扬真正要打倒方从哲的原因是朋党之争。
浙党的第一任领袖是沈一贯。沈一贯本身是浙江人，其集团中浙江人占半数以上，故有浙党之称。神宗末年，门户之争剧烈，就连当时会推阁臣，已牵连到士人派系的利益关系。方从哲也是浙江人，浙党鼎力支持他入内阁当首辅。方从哲入阁后，也意识到当时士人派系林立的政治环境，故透过座主与门生，以及地域关系的建立，巩固首辅之位。
方从哲不光提拔浙党门人，他还拉拢其他朋党。亓诗教为方从哲门生，也是齐党之魁。除了文官之外，方从哲跟后宫的郑贵妃李选侍也建立起深厚的关系，以求保持权势。不过这也变成东林党攻击他最好的理由。现在朝堂之上，诸位大臣都在等待皇帝的答复。
御座上的皇帝缓缓站起，朱由校封闭廉泉闸，以最威严的嗓音做出天子的答复：
“惠世扬，你太放肆了。以一些无中生有的理由攻击内阁首辅。你是何居心？”大臣的耳边顿时雷声滚滚，惠世扬甚至害怕地跪下了。
“朕是宫庭三案的亲历者，宫廷里的事不是外臣随意造谣的种子。韩爌韩大学士，朕记得红丸案那一天，李可灼到内阁献红丸时，你与方首辅同时在场，你说一说当时的情况，方首辅接受红丸了吗？”朱由校走到韩爌面前问话。
“回陛下，当时微臣与方大人一起把李可灼赶走了，并未接受他进献的红丸，更没有向皇上汇报。”韩爌马上据实回答。
“那既然是这样，惠世扬诬陷方从哲这件事就坐实了。惠世扬，你说说，朕应该拿你怎么办？”朱由校把话题又转向惠世扬。
“回陛下，臣不敢，方从哲确实与内廷有来往啊！臣只是道听途说了一些消息，但是又觉得这些消息耸人听闻，臣觉得关系重大才禀告给圣上。望圣上明鉴微臣的一片赤胆忠心啊！”惠世扬跪在地上声音都颤抖了。
“方从哲在三案里确实举止有些失措。但是这不是你惠世扬口头判内阁首辅死刑的理由，朕若是听了你的话遂了你的心愿，朕不就冤杀了老臣么？今日朕告诉你们，你惠世扬是朕亲政以来第一次犯这样的错误，这一次朕可以原谅你。下一次不管是谁只要因为只言片语就诬陷其他臣子的，朕一定重罚。你们都听懂了么？”
众臣都跪下称“谨遵圣谕”。