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以前他只是皇帝用来震慑官场的宝剑，受到各种束缚，想杀的贪官杀不了，想要追查的案子往往无法深究，现在大权在握，踌躇满志，打算大展宏图。
他觉得治理国家的重点，首要就是吏治。官吏贪污腐败，违法乱纪，既造成了百姓的困苦，又败坏了国家的根基，是一切罪恶的源头。因此他决定第一步就是大力整治吏治，整治的办法就是制定严厉的法律。
他觉得只要有严酷的刑法来威慑，官员如果胆敢犯法，马上严惩不贷，如此一来，自然也就没人敢贪污腐败，违反法律了，和吴思远说起，他却不同意朱传宗的看法，道：“人都是有贪欲的。官员们掌握权力，却不受监督，这样的情况下，想让人一点不受诱惑，就像让猫儿不吃腥一样，根本是难以实现的。
无论刑法多严酷，受罚的永远是少数人。只要有机会，仍会有人抱着侥幸心理铤而走险，大人你又如何杀得干净呢？”朱传宗道：“人有贪欲是不错，但人更怕死。
杀十个不管用，我就杀一百个、一千个。我就不信，难道有人把钱看得比命还重要？”吴思远叹道：“大人把人都杀光了，谁来当官呢？”朱传宗听了极不以为然。天下人那么多，还怕没有愿意当官的？不过朱传宗知道吴思远思虑高远，肯定有他的道理。
因此一开始也没有马上就实行酷律，而是先对官员们进行了一次大规模的教育，每当有新任命的官员将要去上任时，朱传宗都要亲自找他谈话，苦口婆心地给他们讲一番道理。
他还给官员们讲了一个例子。当官的老实守着自己的俸禄过日子，就像守着井底之泉，水虽然不很满。
但是不会干，可以取用一辈子，受贿而来的外财真有益处吗？你搜刮民财，闹得民怨沸腾，再高明的密谋也隐瞒不住。
一旦事发，首先关在监狱里受刑，判决之后再送到劳改工场服苦役，这时候你那些赃款在什么地方？在数千里之外呢。你的妻子儿女可能收存了。
也可能根本就没有。那些赃物多数藏在外人手里，这时候你想用钱，他会弄得你家破人亡，赃物也成了别人的东西。
所以说，不干净的钱毫无益处。官员们都听说过这位摄政王大人早年人称“朱青天”最恨贪官，因此个个都心悦诚服，承诺一定会做个好官。
朱传宗看到自己的措施颇有成效，十分满意，寻思着也许那些严酷的刑法用不到了，哪知道才过不到一年的时间，就发生了一件大案，让他万分震怒，原来半年多前，户部尚书年纪太大，告老还乡。
朱传宗精挑细选，从户部的官员里选了一个叫秦槐的，接任户部尚书之职。秦槐四十多岁年纪，很有才干，而且一向有清廉的名声，朱传宗对他寄予厚望。
哪知道秦槐才上任半年多，就被人告发说他贪污受贿，而且滥用职权敛财。朱传宗一开始还有些不信，命监察院仔细查证。谁想到竟然是铁证如山。
其中一个例子，就是春天的时候太平府一带有几个州府遭了干旱，朱传宗下令减免赋税和钱粮，但是秦槐阳奉阴违，对这些地方照旧收粮，可是钱粮都没上缴府库，全被他私吞了。
如此这般，私吞私扣的钱粮银两，数目庞大，折合起来足足有十几万两银子。这也还罢了，秦槐及手下党羽在征收赋税的时候，又想了许多名目，千方百计压榨百姓。比如他收钱粮的时候，一石米折钞两贯钱，但是两贯钱以外他又跟老百姓要了其他的钱：水脚钱一百文，就是用船来运。
车脚钱三百文，船运完了还得用车运，再加三百文。口食钱一百文，人吃马喂的，都得吃东西，再加一百文。库子钱一百文，掌管仓库，看仓库，再加一百文。
蒲篓钱一百文，粮食得装成包，打包用蒲篓，加一百文。竹篓钱一百文，拿竹子编的筐子，再加一百文。神佛钱一百文，运输走到江上走到河上，怕遇见大风船翻了。
要让它平平安安的，沿途还要拜神拜佛。所以一石粮食两贯钞，加了多少钱！这些五花八门的手段，整得老百姓苦不堪言。
还比如军队饲养战马，养马的草要从民间征收，秦槐这些人接受了一些贿赂，谁给他贿赂了，这个粮草免征。他把这些负担摊到其他没有给他贿赂的那些地区，这又是一笔钱。
还有纳粮入水、纳豆入水，就是说把粮食里头掺上水，潮湿的搁到仓里头，收的豆子掺上水搁到仓库里头。
最后造成仓库的粮食大批腐烂，甚至没办法处理，把仓库拆了，把粮食大批的埋了，朱传宗看了这些证据及案宗，真是触目惊心。
明宗时候吏治败坏，他四处查处案件，惩治贪官，也没见过这样规模庞大的贪污案。没想到自己当权以后，自以为官场一片清明了，却原来比以前还要腐败。
朱传宗不由勃然大怒，看来不实行严酷的法律是不行了，他不顾吴思远的劝阻，开始大肆实行残酷的刑法。
新法规定，官员贪污满十两就处以绞刑。十两相当于一户中等人家一年的收入，按以前的法律，不过判流放而已。至于杖责、刺配，各种酷刑更是动辄加身，往往官员被查出一点罪过，就要大刑伺候，去掉半条命，稍微严重点的，就是死罪难逃了，秦槐一案彻底清查下去，牵连极广。
以秦槐这个户部尚书为首，以下左右副尚书，各司郎中，凡是有些权力职司的，几乎没有置身事外的。
而且到了地方，知府、钱粮主簿、看粮的衙役，盘根错节，如同蛛网，再往下，秦槐等人贪污的粮食，自然还要变卖成银子，这就又牵出一大批靠跟官府勾结发横财的不法富商。
朱传宗下令在全天下追赃，查到哪儿，惩罚到哪儿，一个不漏。朱传宗下令严格惩罚，这一次案件牵连到户部、天下十二布政司，所有行贿的、窝赃的、销赃的，轻则流徙，重则斩首，加起来足有三四千人，户部衙门都为之一空，这样的严刑厉法造成了两个结果。一是官员们人人自危，每天去衙门都提心吊胆，早上出门去了。
不知道晚上还能不能平安回家。另一方面，许多官员看准风头，趁机迎合朱传宗的想法，罗织罪名，构陷同僚，以求受到嘉奖重用，不过天下的吏治也确实是清明了许多。官员们战战兢兢，敢于顶风犯法、违法乱禁的，是凤毛麟角。
朱传宗见自己的政策取得了这样好的效果，不由大是得意，向吴思远笑道：“吴先生，你看看现在官场的风气这么好，可见我的办法还是对的。”吴思远道：“大人，残酷的法律只能有一时之效。
而且大人没听过‘过犹不及’这句话吗？官员犯的罪也分大小轻重，犯罪的官员也分有能力和没能力的。现在大人不论其他，只要动辄有点罪错马上大加惩处，官员被罢免光了。
又临时提拔很多根本没有经验资历的人来填充，要知道有时候庸官的危害可是一点也不比贪官小啊！”朱传宗现在位高权重，没人敢在他面前顶撞，而且他视这次整顿是得意之作，听了吴思远一番批评，难免有些不悦，道：“那先生你说该怎么做呢？”吴思远说人治不如法治。
只有从制度上约束官员，让他们没有犯罪的机会，这样才是长治久安的办法。朱传宗不以为然地笑道：“难道现在不是在靠惩罚的制度来约束官员吗？”吴思远说起他的构想，又劝了几次，见朱传宗都听不进去，也就不再说了。
过了些天，就向朱传宗辞官，要回老家东山去隐居。朱传宗极力挽留，可是吴思远去意坚决。也就只好应了，朱传宗奏请太后下旨，将整座东山都封给吴思远，寻常人不得打扰，供他隐居之用。
吴思远与朱传宗意见不合，辞官隐居去了，过了些日子，兵马大元帅王定昆也来见朱传宗，说要交出兵权，辞掉大元帅之位。朱传宗十分不解，问道：“大哥是当朝名将，领兵打仗无人能及，这个元帅的位子你不坐，还有谁能胜任？
况且大哥正干得好好的，现在朝廷都是咱们做主，难道还有谁跟大哥过不去？”王定昆笑道：“我跟王爷是结拜兄弟，谁敢跟我过不去呢？不过现在天下太平，也没有仗打啦，我这个元帅，也没有什么意思。我打了半辈子仗，也累了，想享享清福啦。”
朱传宗不好勉强，便依王定昆的意思免去了他元帅之职，改封为太保。太保是三公之一，地位极为尊崇，是名义上的军队最高统帅，不过没有实际的军权。朱传宗虽然对能把军权收回手里，也很合心意，但是王定昆辞官的事还是令他有所感触。
感觉兄弟之间好像不如以前那么亲热随意了，他明白王定昆辞官的原因，一定是自己最近大力铲除官员，手段残酷，害怕他手中掌握兵权引起自己的猜忌。
加上吴思远归隐而去，王定昆更加担心，干脆主动交出权力，以求平安。朱传宗想着这事，心中就有些不乐。他一心是想为百姓营造一个廉洁清正的朝廷，让百姓过上不受欺压的好日子。
为什么吴先生要反对自己呢？为什么结拜大哥都害怕自己呢？难道权力真的那么可怕？还是自己掌握了大权，真的变了呢？朱传宗回到家中，想起嫂子华采云熟知官场，见识过人，不妨跟她聊聊。因此就信步到了观云院。哪知道华采云听他说完，也是赞同吴思远的说法。说是刑法太严，树敌太多，虽然现在朱传宗权势正大，一手遮天，但是毕竟不能跟整个官场作对，在官场行事要留后路，不能把事情做绝，还说朱家的富贵已经到了顶峰，不需要再积攒什么功劳政绩，朱传宗只要好好掌握朝政大权就是了。