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却说玉玄炼内天地，看似慢实则过了四百年，却说这四百年中却发生了一件大事情，就说那巫族蚩尤召集所有的巫族聚居在九黎部落，想一举夺回被人族占据的大地，重振巫族的声威，想这些巫族人老的经历过当年妖族掌天，巫族掌地的时代，新的巫族也从前辈哪里听来了自己巫族族往日的辉煌，巫族人人都有重新夺回大地的想法，蚩尤这一召集，立刻一呼百应，除开几个有身份的大巫不想居蚩尤之下之外，其余的都赶来了，巫族来的人太多九黎部落都在不下，于是又建立了七十二个支部落才再下，这七十二个只部落均有大巫当族长，又经过百年备战，巫族掌大地这么多年，本来就有储备充足，加上百年的备战可以说是人多势众、武器优良。
在巫族聚集之初，神农才刚继位，忙着传授先进的农更技术和医葯技术到整个人族，所以没重视，当神农做稳皇位，基本解决了人族的粮食问题的时候，看到巫族聚集百年也没什么动静，以为巫族只是为了自保才集合，况且巫族也有聚集在一起居住的习惯，所以神农也没放心上，大胆的发展内政，玉玄也就是这个时候闭的关。
玉玄刚闭关，巫族就杀向人族而来，神农连忙组织部队抵抗，可是临时组建的部队如何是巫族的对手，更何况巫族大巫都有几百，这可是几百大罗金仙修为的高手啊，而且巫族因为强大的肉身，人人都有的一身好武艺，几乎都是战斗长大，战斗经验均十分丰富，除开夸父等人人都天生就掌握一种能量的使用，同一级别的巫族战斗里都要高于其他族，不论人还是妖，管你是道还是佛，当然玉玄这样的特例要除掉。所以缺乏高手的人族一路大败，神农想到的办法只有一个就是向玉玄求救，可是玉玄闭关，刚好饕餮回花果山看到师弟有难当然要帮，于是邀约上了自己的其他八个兄妹，去抵挡巫族，几人各有神通到是也打败了些巫族，可是如何是夸父，蚩尤等成名大巫的对手，只能不断败退，到也拖延了一些时间，之后太上老君派了玄都大法师来帮忙，原始天尊也让门下来帮神农，奈何人数太少，只好勉强靠着陈都防住巫族的进攻，反攻却是不能。
但人族的另外一边有熊周围的部落，都归顺到皇帝麾下，再加上皇帝平时就好排兵步阵，手下原本就文有仓颉武有柏鉴有了熊、罴、狼、豹、雕、龙、鸮几个大族的加入，又有神鸟毕方、风伯、雨师、女魃、应龙等大神通者来投靠真是兵精将广，而且蚩尤将巫族的大部分人马都用来对付神农，只有少部分来对付其余部落，到是被他连胜了几场，蚩尤和巫族大怒，蚩尤亲自率大军来攻打黄帝，黄帝面对的高手大增，连败就战，还好他的那个没教本事就因为丢宝走人的师父带同门来支援，才稳住局面，截教却是势大，号称“万仙来朝”而且讲意气，一个叫一个，虽然没全部来，但是几千仙人还是来了的，有了这么多的仙人相助黄帝立刻有守有攻，神农也突出包围，带着人马来会合，此时已经大战了三百多年了，直到玉玄出关，人族正好刚刚回合跟巫族对峙在涿鹿。
玉玄才刚一出关就知道了这件事，身为人族圣师，这样大的事前不能不管，玉玄急忙赶往逐鹿。到了逐鹿，玉玄就直奔人族大帐，以他的修为这里也没人发现得了他。玉玄才到大帐外面，远远的就听到帐内的争吵声。只听一人道：“神农炎帝乃天下共主，兵马理应由他指挥。”玉玄听出是广成子的声音，在听一人道：“我徒轩辕擅场排兵布阵，手下兵马最多，而且也是听定的人皇，我说应该由炎帝传位以轩辕，由他指挥才对。”玉玄听出是赵公明的声音。这时只听又有一人道：“不如这样把，两家各掌自己的兵马，各自跟蚩尤大战，这样免伤了和气。”玉玄一听，虽没听出这人是谁，但知道是个军事白痴了，自己实力本来就不及敌人，还要为了不伤和气大战之前分兵，这不是自找失败吗。大帐内传出一片赞成的声音，玉玄知道这些可能是来帮忙的修士，只知道修炼，却不懂兵事，他怕神农和轩辕被这些人影响了，一个头脑发热就分兵，急忙大叫：“不可”说着就冲入大帐。
帐内的人大部分都只听说过玉玄的名声，没见过他本人，这些人看玉玄还以为是个凡人，更有些修士想我们议论大事，一个普通人族也敢来发言阻拦，太没规矩了，就要出口教训，忽然只见上首的神农看到来人一下就高兴起来：迎接上来对来人一拜道“弟子神农见过老师，祝老师万安。”那广成子道：“五师弟恭喜你又有突破啊。”他也只是看玉玄是个普通人模样，想到自己只有看老师和其余几个圣人的时候才有这种感觉，这玉玄师弟真是天才，恐怕又有突破了，却不知道到达什么境界，才恭喜玉玄的。之后阐教之人都上来和玉玄相见，连燃灯也上来相见了，只是笑的不自然。而截教中人看到玉玄来了，神农有了强大的后援，皇帝的兵权危险了，所以都对玉玄没好脸色，尤其是赵公明。轩辕不认识玉玄但知道了来的是圣师后也忙过来拜见，之前要想教训玉玄的那些修士一般都是修为不怎么样的，现在知道此人是名满天下的玉玄真人时，立刻收回还没说出的教训的话，改为巴结玉玄了。
之后各回位坐好后，神农到：“不知道老师有什么建议？”玉玄想战败蚩尤是皇帝的功绩，神农该有的功绩现在都有了，就差传位找个好的继承人就功德圆满了，于是道：“神农，你已经功德圆满了，你就传位给轩辕吧，一来可以让人族军队能统一指挥，二来如今大军士气低落，正好可以借此事鼓舞一下士气。”所有人都对玉玄的话大感惊讶，大家在他要说话时全部都以为他会想办法帮神农争夺兵权，可是他居然要神农传位给轩辕。不过都没人反对神农尊敬玉玄所以不反对，而阐教的人看人家玉玄是人家的师父都不去争，自己争什么，也不反对，截教中人看玉玄是帮他们就更不会反对，剩下的看到这些人都不反对玉玄，哪个还敢反对，于是这次战前会议就以确定了轩辕的领导地位结束。
第二日，神农就在整个人族面前传位给轩辕，神农虽几次败给蚩尤，但他对人族的功绩还在，再说败给蚩尤也不是他的错，所以他一传位就功德圆满，上天立刻降下大功德表彰他，功德这次也是一分为而，九成归了神农，神农立刻成圣，由伏羲接往火云洞去了，一成降到玉玄上，消失到玉玄的内天地中。所有修士看到这种情况都不会想玉玄是按历史行事，均想玉玄太狡猾了，这个时候让神农传位，他们师徒得了大功德，好处占了，将巫族留给轩辕，还要让轩辕感激他们师徒传位的恩情。有人佩服玉玄的手段，有人恨他阴险，但玉玄从以前给人有勇无谋的形象中一下解脱出来，在天下修士心中立刻变成道行高深，智谋深远的形象。