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神农接任了族长后，有姜部落不断壮大，神农和有姜部落的名声，连伏羲都听到了，于是他决定自己亲自去看看，来到了有姜部落，只见部落里有水的低处种着稻子，无水的高坡上种着麦子，又有粟、荞、蔷间或期间，到处一派绿油油的景象。农夫在地里耕作，小孩在垄里玩耍，人们过的幸福快乐，伏羲找了几个人问答，都道这是首领神农的功劳，伏羲心下甚是高兴。
神农听说天下共主来了，连忙率人前来迎接，伏羲见神农身材魁梧，皮肤黝黑，想是长期在地里劳动所致，于是便问了神农几个关于种植庄稼的问题，神农自然是对答如流。伏羲又问了神农几个关于管理洪荒众部落的问题，发现神农也能推陈出新，提出许多好的见解。伏羲叹道：“神农真为大贤啊！”再问下去越问越惊讶，他只发现神农还对行兵布阵有研究，他最厉害的还是治病。最后发现他和自己一样都是圣师玉玄的弟子就以师兄弟相称起来。
伏羲便邀请神农前去陈都，神农如何不从？辞别家人，找个助手接管了自己的事物，与伏羲一起去了。到陈都，神农辅佐伏羲，处理政务井井有条，一些困难的事情也很好的解决了。
这一日太清境大赤天太上老君的弟子玄都大法师从大赤天来到陈地，伏羲将玄都大法师迎入屋中，只听玄都大法师说道：“贫道奉老师之命前来告诉人皇，人皇已然功德圆满，当将人皇之位传给他人，功成身退，到火云洞静修。”伏羲听到此言大喜，忙让人准备传位之事。玄都大法师传讯完毕后便回大赤天去了。
伏羲将烈山氏召来说道：“我不日就要退位到火云洞静修，这些年你做事我都看在眼中，人族之中你是最有才华的一个，我准备将人皇之位传于你，你去准备一下吧。”说完便让烈山氏去准备接位之事。数日之后，玄都大法师再次来到陈地，对伏羲说道：“快摆香案，老师要来了。”伏羲忙让人摆好香案准备迎接圣人。不一会天上降下瑞气千条，飘来一朵紫云，太清圣人太上老君骑着兕牛由金角童子牵着绳驾云而来。众人忙跪拜迎接圣人，伏羲带头说道：“弟子伏羲率人族各头领参见太清圣人。”老子说道：“不必多礼，起来吧。”
众人起身后便在太清圣人的主持下见证了伏羲与烈山氏皇位交接的仪式。就见在伏羲将皇位传给烈山氏的时候，天上降下霞光照在伏羲身上，须臾霞光散去，伏羲对太上老君说道：“劳烦师兄前来接我。”
原来就在天降功德加身的时候，伏羲便已恢复了前世的记忆，而且证得天皇之位。他知道自己很倒霉的挂在巫妖大战中，经历百世轮回才成为现在的自己。伏羲又转身对神农说道：“皇弟，为兄在火云洞等你。”说完便向花果山方向一拜，接着跟着老子向火云洞行去。伏羲证得天皇之位时，花果山再次降下一份功德，玉玄将其收取。
继位后神农氏教民种五谷后，并不单单靠天而收，还教民打井汲水，对农作物进行灌溉。同时，他还发明了陶器，解决了人类的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。
农业的出现，人类的劳动果实已有剩余，这时，神农氏设立集市，让大家把吃不完，用不了的食物和东西，每天中午拿到集市上去交换，从而出现了原始的商品交易。还治麻为布，使民着衣裳。更削木为弓，以威天下。
神农之教曰：“丈夫丁壮而不耕，天下有受其饥者，妇人当年而不织天下有受其寒者，故身自耕妻亲蚕以为天下先。”神农管理部落，治理天下很有方法。他不望其报，不贪天下之财，而天下共富之。智贵于人，天下共尊之。他以德以义，不赏而民勤，不罚而邪正，不忿争而财足，无制令而民从，威厉而不杀，法省而不烦，人民无不敬戴。
之后因为粮食吃不完，腐烂在仓库中，神农又经过观察叫人养起牛、羊、马、猪、狗、鸡六种牲口和家禽来，统称六畜。自此人族可以不用打猎也有肉吃了。五谷六畜的出现，标志着人类文明进入了一个崭新的农业发展阶段。这时候，人类的劳动果实已有剩余。
不说人族，就说巫族因为玉玄的关系比原来的世界强大了不少，比如后羿，夸父等高手保留了下来，只是没了祖巫，大巫谁了不服谁，可是巫族出了一个怪胎蚩尤，蚩尤有八只脚，三头六臂，铜头铁额，刀枪不入，而且天生能控制兵器，实力发展的飞快，而且出生就有元神，是巫族唯一有元神的，最重要的是他研究出让巫族和人族结合生出的巫人虽然实力小了一些，但出生率却大大增加，这样等于解决了巫族出生率低下的问题，他以这个功绩立刻得到其他大巫的认同，成为巫族之主，之后又集合巫族建造了一个大部落叫“九黎”日夜打造兵器，操练兵马，意图打败人族，夺回大地，此时的神农还不知道危险，正专心发展生产。
话说另外一边，天下看到伏羲成圣的时候，上天降下的大功德分了玉玄一部分，这些修士别的可能不感兴趣，可是对功德和好的法宝欲望却是比一般人还厉害，这些修士打听之下现在的共主居然神农也是玉玄的弟子，大为嫉妒，但没办法，只好抓紧时间寻找继任者，其中又以广成子最聪明，他想如果玉玄和他们争夺，与玉玄在人族的威望，谁能争得过他，于是到花果山套套口风，没想到不但得到玉玄不跟他争的肯定答复，还从玉玄处知道那人皇将出现在有熊部落，可怜广成子高高兴兴的去找有熊部落但那有熊部落还是个小部落，如何能轻易找到，找到了还有个强大的巫族等着他呢。